এক হাজার বছর আগে এক পারমাণবিক যুদ্ধের পর পৃথিবীর প্রায় সব প্রাণ ধ্বংস হয়ে গেছে। এখন মানবজাতি একটি প্রাণঘাতী জঙ্গলের সাথে লড়াই করছে, যা বিষাক্ত স্পোর এবং বিশাল কীটপতঙ্গ দিয়ে পূর্ণ। তবে, সমুদ্রের পাশে অবস্থিত "দ্য ভ্যালি অফ দ্য উইন্ড" নামের এক শান্তিপূর্ণ উপত্যকা এই বিষাক্ততার প্রভাব থেকে মুক্ত। এই উপত্যকার শান্ত জীবন ও প্রিন্সেস নওশিকা’র নিরাপত্তা ভেঙে যায়, যখন টলমেকিয়ার একটি বিমান বিধ্বস্ত হয়ে সেখানে পড়ে এবং এর ধ্বংসাবশেষে একটি রহস্যময় বস্তু পাওয়া যায়। শীঘ্রই টলমেকিয়ার সৈন্যরা উপত্যকায় আক্রমণ চালায়, তাদের লক্ষ্য সেই প্রাচীন বিধ্বংসী অস্ত্রটি পুনরুজ্জীবিত করা। নওশিকা এখন তার উপত্যকা রক্ষায় এবং মানবজাতির ওপর নতুন বিপর্যয় নামা রোধে লড়াই করতে বাধ্য হয়।