নারুতো উজুমাকি এক অনাথ শিশু, যার দেহে সীলবদ্ধ ছিল এক ভয়ংকর নাইনটেইলস শিয়াল (কিউবি)। তার গ্রামবাসীরা তাকে অপমান করত ও দূরে সরিয়ে রাখত, কিন্তু নারুতোর একটাই স্বপ্ন—সবচেয়ে শক্তিশালী নিনজা হয়ে হোকাগে হওয়া, যেন সবাই তাকে স্বীকৃতি দেয়। সে তার বন্ধু সাসুকে উচিহা ও সাকুরা হারুনোকে নিয়ে মিশনে যায় এবং মাস্টার কাকাশি হাতাকের অধীনে প্রশিক্ষণ নেয়। ধীরে ধীরে সে অনেক শত্রু, রহস্য, ও কঠিন পরীক্ষার মুখোমুখি হয়। নারুটোর মূল লড়াই তার বন্ধুকে ফিরে পাওয়া, নিজের উপর বিশ্বাস রাখা, এবং শান্তি প্রতিষ্ঠা করা।