অ্যালকেমিস্টরা হলো জ্ঞানী এবং প্রাকৃতিকভাবে প্রতিভাবান কিছু মানুষ, যারা তাদের শিল্পের মাধ্যমে বস্তু পরিবর্তন ও নিয়ন্ত্রণ করতে পারে। তবে অ্যালকেমি যতই বিস্ময়কর হোক না কেন, এটি মোটেই সবকিছু করতে সক্ষম নয়, যেমনটা অনেকেই ভাবে। বিশেষ করে, মানব রূপান্তর (human transmutation) কঠোরভাবে নিষিদ্ধ, আর যারা এটি করার চেষ্টা করে, তাদের ভয়ানক পরিণতির মুখোমুখি হতে হয়। তবুও, দুই ভাই এডওয়ার্ড এবং আলফোনস এলরিক এই নিষেধাজ্ঞা উপেক্ষা করে তাদের মৃত মাকে ফিরিয়ে আনার চেষ্টা করে। কিন্তু তারা শুধু ব্যর্থই হয় না, চরম মূল্যও দিতে হয় তাদের এই সাহসিকতার জন্য—এডওয়ার্ড তার বাঁ পা হারায়, আর আলফোনস পুরো শরীরটাই হারিয়ে ফেলে। নিজের ভাইকে বাঁচাতে এডওয়ার্ড তার ডান হাতও বিসর্জন দেয়, যাতে আলফোনসের আত্মাকে একটি লোহার বর্মে আবদ্ধ করতে পারে। বছর কয়েক পর, এই দুই তরুণ অ্যালকেমিস্ট পুরো দেশ ঘুরে বেড়াতে থাকে ফিলোসোফার'স স্টোন খুঁজে পাওয়ার আশায়, যাতে তারা আগের শরীর ফিরে পেতে পারে। কিন্তু সেই পাথরের খোঁজ করতে গিয়ে তারা এমন সব অন্ধকার ও ভয়ংকর সত্যের মুখোমুখি হয়, যা তারা কখনো কল্পনাও করেনি।