সেকেন্ড ইমপ্যাক্ট নামে একটি বিপর্যয়মূলক ঘটনার পনেরো বছর পর, বিশ্ব একটি নতুন হুমকির সম্মুখীন হয়। এঞ্জেলস নামক দানবীয় স্বর্গীয় প্রাণীরা একে একে টোকিও-৩ আক্রমণ করা শুরু করে। একটি বিধ্বংসী এঞ্জেল আক্রমণের কারণে শিনজি ইকারি ইভাঞ্জেলিয়ন ইউনিট-০১ পাইলটিং করতে, এঙ্গেলস এর বিরুদ্ধে টোকিও-৩ রক্ষা করতে বাধ্য হয়।