টোকিও মেট্রোপলিটান অ্যাডভান্সড নর্চারিং হাই স্কুল নামে একটি প্রতিষ্ঠানকে ঘিরে ক্লাসরুম অফ দ্য এলিট-এর ঘটনা আবার্তিত হতে থাকে। বিলাসবহুল একটি দ্বীপে অবস্থিত অনন্য বিদ্যালয়টি শুধুমাত্র সবচেয়ে মেধাবী এবং ব্যতিক্রমী ছাত্রছাত্রীদের ভর্তি করে থাকে। যারা অসামান্য একাডেমিক পারফরমেন্স এবং পাঠ্যক্রম বহির্ভূত দক্ষতা প্রদর্শন করতে পারে শুধু তাদের জায়গা হয় এ স্কুলে। যে সমস্ত ছাত্রছাত্রীরা স্কুলে টিকে থাকে তারা তাদের কাঙ্খিত বিশ্ববিদ্যালয়ে ভর্তি হওয়ার বিষয়ে নিশ্চিত হতে পারে এবং ভবিশ্যতে উচ্চ বেতনের চাকরি পাওয়ার সম্ভাবনা বৃদ্ধি করে। গল্পটি কিয়োটাকা অয়ানোকোজির দৃষ্টিভঙ্গি অনুসরণ করে, একটি শান্ত এবং নিরীহ বালক, যে বন্ধু তৈরিতে ভাল নয় এবং বরং তার দূরত্ব বজায় রাখে, কিন্তু অতুলনীয় বুদ্ধিমত্তা এবং অবিশ্বাস্য শারীরিক ক্ষমতার অধিকারী।