২০০০ সালে দ্বিতীয় প্রভাব নামে একটি বিপর্যয়ের অন্তরভুক্ত পরীক্ষাগুলি মানবজাতিকে ধ্বংস করে দিয়েছিল। পনের বছর পরে, মানবতা আরেকটি বিচারের মুখোমুখি হয়। "এঞ্জেলস" নামক দৈত্য প্রাণীরা উপস্থিত হয়, এবং বিশেষ সংস্থা "নার্ভ" তাদের সাথে লড়াই করার জন্য গোপনে কাজ করে। ১৪ বছর বয়সী শিনজি ইকারি এই লড়াইয়ের কেন্দ্রবিন্দুতে পরিণত হয়।